この一番下から2番目のチェックボックス、
Exclude from Dock and Command+Tab Application Switcher
をオンにするだけでした。

余談

Macのアプリ切り替え機能で、commandキーを押しながらtabキーを押すことで、直前のアプリを一覧で表示して切り替えるという機能があります。
これが好きでよく使っているんですが、iTermはここから除外したいと思っていたんですよね。

ググってみたらやり方が普通に出てきました。
なんだー、カンタン。